La manette de jeu se présente comme la véritable innovation de la console. D'après Nintendo, elle est révolutionnaire et change complètement la façon de jouer, d'oú le nom de code de la console lors de sa phase de développement, faisant référence à une révolution dans le monde du jeu vidéo. Elle s'inspire grandement du Power Glove, une manette pour Nes sortie en 1989.
La Wiimote, comme l'a nommée Nintendo (contraction de « Wii » et de remote qui signifie télécommande en anglais), ressemble beaucoup à une télécommande et elle est connectée à la console grâce à la technologie Bluetooth dans un rayon d'environ dix mètres. Grâce à un accéléromètre, la télécommande est capable de déterminer un grand nombre de mouvements que le joueur produira dans l'espace : gauche-droite, haut-bas, avant-arrière, rotation, torsion, etc. Tout geste avec les bras et les mains est donc interprété par les jeux Wii.
Horizontalement, la télécommande devient une manette proche de celle de la NES, qui est utilisée dans quelques jeux Wii (plus particulièrement pour les jeux de voitures, la manette se prenant en main comme un volant, comme par exemple dans Excite Truck) et dans certains jeux rétro téléchargeables (notamment les jeux NES et TurboGrafx).
La télécommande possède aussi un dispositif de pointage, équivalent de la souris de l'ordinateur, nécessitant l'installation d'un émetteur placé au choix sur ou sous le téléviseur. Ce dispositif fonctionne dans un rayon d'environ un à cinq mètres face à l'émetteur, selon l'éclairage ambiant.
La Wiimote est alimentée par deux piles AA pour une autonomie d'environ trente à soixante heures (selon l'utilisation ou non du Nunchuk). La manette n'utilisant pas de faisceau infrarouge, aucune incompatibilité avec des téléviseurs n'est à craindre.
Pour plus d'immersion dans le jeu, cette manette est dotée d'une fonction vibration et d'un petit haut-parleur. Ainsi, lorsque, dans un jeu de tennis, la balle frappe la raquette, le son du contact est diffusé par la manette puis dans les enceintes du téléviseur.
La Wiimote possède aussi une mémoire flash de 4 Mbits permettant d'y stocker dix Mii.
La Wiimote se présente en fait comme la partie centrale de tout un système de contrôle. En effet, il est possible, grâce à son port d'extension, de la relier à plusieurs accessoires comme le Nunchuk qui dispose d'un stick analogique et qui possède également un détecteur de mouvements. Une manette, plus académique, inspirée de la manette Super Nintendo, est également disponible. Elle est utilisée pour les jeux de la Console virtuelle ainsi que pour les jeux Wii n'utilisant pas la détection de mouvement. Il existe désormais un accessoire nommé Wii Zapper commercialisé pour un prix de 30 euros en France, il est vendu avec le jeu Link's Crossbow Training. L'accessoire sert à loger la Wiimote et le Nunchuk afin d'obtenir une sorte d'arbalète (dans le cas de Link's Crossbow Training) ou bien de fusil [11]. Un autre accessoire a été créé pour Mario Kart Wii : le Wii Wheel qui consiste à rentrer la Wiimote dans le centre d'un volant pour donner une meilleure impression de conduite dans le jeu . Pour le jeu Guitar Hero III : Legend of rock, la Wiimote doit être insérée dans la guitare pour pouvoir jouer avec.
La Wii possède un dispositif de pointage aussi précis que la souris d'un ordinateur, rendu possible par l'utilisation d'un émetteur. Cette barre, connectée à la console avec un simple câble d'alimentation, contient deux DEL infrarouges et n'envoie aucune information, que ce soit à la Wiimote ou à la console. La barre doit être positionnée sur ou sous le téléviseur, au choix, et ne sert qu'à émettre de l'infrarouge.
Lorsque la Wiimote est pointée vers le téléviseur, et donc vers la Sensor Bar, elle capte les faisceaux infrarouges émis par cette dernière et calcule la position vers laquelle vous pointez, envoyant ainsi les informations à la console via Bluetooth.
En juillet 2007, un nouveau périphérique a été annoncé lors de l'E3 et est sorti en décembre de la même année au Japon : la Wii Balance Board qui accompagne le jeu Wii Fit. Ce contrôleur comparable à une balance domestique se pose au sol et se contrôle principalement avec les pieds. Le poids maximum que peut supporter la Wii Balance Board est de 136 kg (150 kg pour les versions américaine et européenne). Elle est sortie en Europe le 25 avril 2008.